STAGE Développement d'architectures intégratives en santé(F/H)
Dassault Systèmes

STAGE Développement d'architectures intégratives en santé(F/H)

Dassault Systèmes
  • Internship (From 4 to 6 months)
  • Vélizy-Villacoublay (France)
  • Published on September 7 2021

STAGE Bioinformaticien - Développement d'un workflow de construction et d'analyse des modèles stœchiométriques sous contraintes (F/H)

Dassault Systèmes, l'entreprise de la 3DEXPERIENCE, est un « accélérateur de progrès humain ». Elle propose aux entreprises et aux particuliers des environnements virtuels collaboratifs qui leur permettent d'imaginer des innovations plus durables. En développant un jumeau virtuel du monde réel, grâce à la plateforme 3DEXPERIENCE et à ses applications, Dassault Systèmes donne à ses clients les moyens de repousser les limites de l'innovation, de l'apprentissage et de la production.

Les 20 000 collaborateurs de Dassault Systèmes travaillent à créer de la valeur pour nos 270 000 clients de toutes tailles, dans toutes les industries, dans plus de 140 pays. Pour plus d'informations, visitez notre site www.3ds.com/fr

Imaginez demain ...

L'organisation "Virtual Twin of Human Technology" de Dassault Systèmes est une équipe pluridisciplinaire dans des domaines technologiques, biologiques et biomédicaux de l'entreprise. Elle réalise une veille scientifique et technologique permanente ainsi que des prototypes logiciels pour évaluer l'applicabilité des nouvelles technologies et/ou des connaissances scientifiques pour une nouvelle dimension de la santé humaine. Par exemple, dans un but de prévention, la modélisation virtuelle et sa simulation vont devenir un élément clef pour les médecins qui peuvent transformer des informations très complexes en actes médicales pratiques.

Le microbiote intestinal, ce monde tant peuplé tant encore à découvrir. Nos microbes intestinaux ont un rôle clef dans le métabolisme des nutriments et une grande influence sur notre état de santé. Ils peuvent nous protéger de certaines maladies ou, au contraire, participer à leur survenue et leur progression. Comprendre leur fonctionnement et réussir à influencer leur rôle est le défi de la recherche clinique des prochaines années.

Au sein de notre équipe, « Microbiota Twin », nous travaillons sur des technologies d'analyse et de modélisation de ces interactions microbiote-hôte. En particulier, nous souhaitons investiguer le rôle du microbiote dans différentes maladies chroniques à travers la modélisation de réseaux métaboliques pour la souris, comme première étape vers les modèles cliniques.

Vos défis et contributions

Intégré(e) à l'équipe, « Microbiota Twin », vous contribuerez au travail sur des technologies d'analyse et de modélisation de ces interactions microbiote-hôte. En particulier, en travaillant en binome avec un autre stagiaire dans l'équipe, vous serez responsable d'un workflow de création de réseaux métaboliques, leur curation en intégrant des informations contenues dans des bases de données et leur analyse, tout en intégrant aussi des données expérimentales dans le but de prédire des phénomènes biologiques et des expériences in silico. Ce prototype sera réalisé en python avec l'intégration dans des logiciels internes pour son automatisation. Votre binome vous apportera les compétences métier nécessaires pour le contenu du modèle.

Keywords : Bio-informatique, Modélisation de systèmes biologiques, réseaux métaboliques, programmation linéaire, Flux Balance Analysis, Workflow, software platforms

References:

"A systematic assessment of current genome-scale metabolic reconstruction tools" S.N. Mendoza et al.2019 Genome Biology

"Using Genome-Scale Models to Predict Biological Capabilities" E.J. O'Brien et al. 2016 Cell

"Current status and applications of genome-scale metabolic models' C. Gu et al. 2019 Genome Biology.

Vos atouts pour réussir

Etudiant(e) en école d'ingénieur ou Master Universitaire, de niveau Bac+5, en recherche de stage

Compétences techniques souhaitées :

Technique de programmation linéaire

Excellent niveau de programmation Python

Excellentes connaissances informatiques de conception d'architectures intégratives

Votre candidature aura un atout supplémentaire si vous avez:

Travaillé sur la modélisation et l'analyse de réseaux métaboliques

Travaillé avec des bases de données

Travaillé avec des données biologiques

Qualités professionnelles requises:

Créativité et esprit de collaboration dans l'échange d'idées avec les autres membres du département

Autonomie et être force de proposition pour la conception du modèle

Rigueur dans votre conduite technique du stage

Pédagogie dans la présentation et l'explication des résultats du stage.