Contexte

L'évaluation morphologique des mamelles est une étape essentielle dans les programmes de sélection génétique caprine. Aujourd'hui, ce pointage est réalisé manuellement par des techniciens qualifiés à partir d'observations visuelles et de mesures réalisées sur l'animal. Cette méthode, bien qu'efficace, reste chronophage, dépendante de l'opérateur et de plus en plus difficilement déployable à grande échelle.

Les récents progrès de l'imagerie 3D et des méthodes de vision par ordinateur ouvrent de nouvelles perspectives. En reconstruisant précisément la géométrie de la mamelle, il devient possible d'extraire des caractéristiques morphologiques objectives, répétables et potentiellement plus riches que les mesures réalisées manuellement.

L'objectif est de développer une méthode permettant d'automatiser tout ou partie du pointage morphologique des mamelles à partir de scans 3D réalisés directement en élevage.

Ce travail s'inscrit dans une action du projet CapriMamIA - Morphologie et longévité mammaire des chèvres à l’aide de l’imagerie 3D et l’intelligence artificielle – qui dans la continuité du projet CapriMam3D, vise à exploiter les images 3D issues des mesures via le scanner afin d’étudier l’évolution de la morphologie mammaire caprine sur plusieurs lactations de mêmes individus.

Description du stage

Ce stage de 6 mois s’inscrit dans le projet CapriMamIA avec 3 objectifs principaux :

Identifier les points essentiels au pointage des images 3D et constitué un jeu de données pour l’automatisation des mesures
Poser les bases d'une méthode d'automatisation du pointage des mamelles de chèvres à partir de modèles 3D
Etudier les possibilités de calculs de nouveaux indicateurs et leur intérêt (volume, écart entre trayons…)

Le ou la stagiaire participera au développement de cette méthode en combinant prises d’images 3D en élevage, traitement de données 3D, analyse statistique et développement de méthodes basée sur l’intelligence artificielle.

En fonction de la période, le stage comprendra les missions suivantes :

Réaliser un état de l’art sur les méthodes d'analyse morphologique par imagerie 3D en élevage et en vision par ordinateur
Identifier les critères morphologiques les plus pertinents pouvant être extraits automatiquement (volume mammaire, volume des trayons, position et écartement des trayons, symétrie de la mamelle, etc.)
Contribuer à la définition des points clés de pointage à retranscrire sur les images 3D
Constituer un jeu de données de référence pour l’apprentissage des modèles
Réaliser une analyse descriptive et statistique des résultats Etudier les méthodes possibles pour l'automatisation du pointage des mamelles de chèvres à partir de modèles 3D et développer la plus pertinente
Valoriser et communiquer les résultats au sein de l’équipe projet.

Profil souhaité

Etudiant agro/agri ou M2 ou formation data scientist avec une double attirance pour les nouvelles technologies et la zootechnie
Toutes les spécialités de M2 seront étudiées (Productions Animales, Data Science, AgroTIC etc.).
Goût pour l’expérimentation à la ferme
Goût pour l'analyse de données (formation R et Python à disposition)
Connaissances en machine Learning
Rigueur, organisation, autonomie, curiosité
Goût pour le travail en équipe
Utilisation du logiciel R ou Python et de la suite Office
Permis B

Encadrement et informations pratiques

Ce stage est proposé par Idele et sera sous la responsabilité de Yannis Do et Laurence Depuille-Plais. En plus de ces encadrants, le futur stagiaire bénéficiera d’appui ou de formation sur les aspects statistiques. Le ou la stagiaire aura également l’occasion de découvrir le fonctionnement d’une organisation de R&D et de développer son réseau dans la filière ruminant.
Localisation : Maison Nationale des Eleveurs - Paris (Bercy)
Début du stage : janvier à mars 2027

Gratification / rémunération

Gratification : 682,52 € / mois (brut) pour les stages supérieurs à 2 mois (à compter du 01/01/2026)
Forfait repas journalier : 5,35€ / repas (net)(à compter du 01/02/2024)
Frais de transport domicile / travail selon règlementation en vigueur
Frais de déplacements remboursés selon les barèmes de l’Institut de l'Elevage