ARVALIS - Institut du végétal propose un stage pour une durée de 6 mois dont le sujet est le suivant :

Le Wheat dwarf virus (WDV), responsable de la maladie des pieds chétifs, affecte principalement le blé et l’orge et est transmis par des cicadelles, notamment Psammotettix alienus. Sa surveillance nécessite de pouvoir détecter rapidement le virus aussi bien dans les plantes que chez les insectes vecteurs.

Ce stage s’inscrit dans le cadre du PARSADA IPSEELON, qui vise notamment à améliorer l’épidémiosurveillance des insectes piqueurs-suceurs et des agents pathogènes qu’ils transmettent. La détection du WDV repose actuellement sur des méthodes moléculaires telles que la PCR et la qPCR. Une méthode qPCR de référence est disponible et maîtrisée au laboratoire GenoPaV. Les techniques d’amplification isotherme, notamment la LAMP (Loop-mediated Isothermal Amplification) et la RPA (Recombinase Polymerase Amplification), offrent cependant la possibilité de développer des méthodes plus rapides, simples et potentiellement transférables au terrain.

L’objectif du stage sera de développer et valider un outil de détection rapide du WDV par LAMP et/ou RPA, applicable aussi bien aux feuilles de céréales qu’aux insectes vecteurs.

Objectifs du stage

Réaliser une analyse bibliographique des méthodes de détection rapide du WDV
Sélectionner, adapter et/ou développer une méthode LAMP et/ou RPA spécifique du WDV
Évaluer les performances de la méthode (sensibilité, spécificité, répétabilité) par comparaison avec la qPCR de référence
Valider le protocole sur des échantillons végétaux et des insectes vecteurs

Profil requis:

Étudiant(e) Master 2 ou école d’ingénieur avec une spécialisation en biologie moléculaire, biotechnologies ou biologie
Bonnes connaissances et compétences pratiques en biologie moléculaire : extraction d’ADN, PCR et qPCR
Intérêt pour le développement et l’optimisation de méthodes de diagnostic moléculaire
Prise d’initiative, rigueur expérimentale, capacité d’analyse et travail en équipe
Permis B et véhicule personnel nécessaires (site non desservi par les transports en commun)

Renseignements pratiques :